Как глава H.A.M.M.E.R., Норман Озборн набирал молодых людей со сверхспособностями, чтобы сделать их следующим поколением супергероев под его контролем. Итак, он давил на них психологически и пытал их, чтобы развить их способности. Как только Озборн потерял власть, Мстители просмотрели его файлы и нашли самых опасных студентов, тех студентов, которые не прошли по психологическому профилю, и тех, у кого была сила разрушать городские кварталы. Мстители хотели обучить этих детей, чтобы они не стали опасными суперзлодеями.
Мстители сформировали Академию Мстителей (англ. Avengers Academy), похожую на программу «Инициатива», где ветераны учили молодежь становиться героями. Они пытались скрыть тот факт, что они пытаются помешать студентам стать преступниками.
Выход на публику
Спустя несколько месяцев команда вышла на публику (за исключением Хазмата и Меттла, которые сжались в кармане доктора Пима). Затем появился Вихрь и напал на прохожего, что заставило доктора Пима атаковать и попытаться отомстить за Осу. Затем Вихрь был подавлен, и личности студентов Академии Мстителей стали достоянием общественности.
Страх сам по-себе
Когда Змей вторгся в Мидгард, студенты Академии Мстителей были отправлены на передовую в Вашингтон, округ Колумбия. Позже они оказались под атакой двух Достойных. Бесконечный особняк стал их полем битвы и был разрушен.
После этого Вуаль покинула студенческий состав, а Справедливость и Спидбол отказались от своих должностей учителей.
Разбитые герои
Академия открыла набор студентов для более широкой толпы. Академия вновь открыла свои двери на бывшей базе Мстителей Западного Побережья. Когда школа вновь открылась, большинство первых учеников почувствовали, что их выгонят, что вызвало драку между первым классом и Люком Кейджем, Капитаном Америкой и Соколиным Глазом. Драка закончилась после того, как Джокаста временно оглушила всех и объяснила, что происходит на самом деле. Студенты сделали перерыв, чтобы успокоиться. Тем временем Соколиный Глаз решил спросить доктора Пима, может ли он присоединиться к ним в качестве сотрудника. Затем ученики встретились с двумя новыми постоянными учениками Белым Тигром и Скоростью Света. Встреча была прервана после того, как появился Ртуть и сказал всем, что кто-то «убил» Джокасту. Услышав это, все собрались вокруг ее разрушенного тела, в шоке. Пока все собирались, Рептил отправил сообщение в альтернативное будущее, где проживали будущие версии оригинального класса Академии Мстителей. В этот момент выяснилось, что телом Рептил овладело его будущее «я». После того, как Гигантский Человек позвонил Людям Икс в надежде узнать, кто напал на Джокасту, Рептил будущего помог Гибриду проникнуть в студенческий коллектив, представившись мальчиком-мутантом.
Он помог ему убедиться, что события, которые создают его будущее, произошли. Гибрид питался сверхчеловеческим разумом Академии, но Рептил из будущего передумал и активировал сигнализацию. Вместе студентам и преподавателям удалось изгнать Гибрида в другое измерение. Выяснилось, что Джокаста жива. Она появилась с Вуалью, чтобы закрыть Академию.
Джокаста начала удалять свои технологии из комплекса, когда на нее напал Ртуть. После непродолжительного боя прибыла компания Briggs Chemicals LLC. Гигантский Человек сказал Джокасте, что если она позволит Стражу Джастона проанализировать ее, он позволит ей отказаться от своей технологии. Пока Пим искал голову Стража, Бриггс предложил ученикам место в своей компании. В то время как многие отвергли это, Машина-Подросток и Ракетный Гонщик согласились.
Мстители против Людей-Икс
После того, как Мстители вторглись в Утопию, а Люди Икс сбежали, они оставили своих учеников. Геракл пытался организовать небольшие олимпийские игры, чтобы успокоить отношения между детьми, но в конечном итоге это ему не удалось. Затем Себастьян Шоу, бывший злодей, чьи воспоминания были стерты, по-видимому, восстановил свои воспоминания и сбежал из своей камеры, чтобы убить детей Людей Икс. Пока преподаватели сражались с Шоу, между многочисленными студентами разгорелась битва. Шоу подошел к ученикам и сказал, что пришел освободить их. Факультет позволил Людям Икс сражаться в фальшивой битве, за исключением Лоа, которая решила остаться.
Пять Людей Икс, наделенных силой Феникса, начали использовать свои силы во благо, но постепенно испортились. Эмма Фрост начала уничтожать Стражей и в конце концов отправилась в Академию, чтобы уничтожить Джастона. Она предложила пощадить его, если он удалит его программирование, но он отказался. После короткой битвы Фрост уничтожила Стража и, по-видимому, уничтожила его ЦП, прежде чем уйти. Однако Ртуть заменил настоящий процессор Стражей дубликатом до того, как Фрост уничтожила его, что позволило отремонтировать Стража Джастона.
На следующий день Пим и Тигра сказали ученикам, что школа будет временно закрыта до окончания войны с Людьми Икс. После конфликта с членами и организацией Бриггса Джокаста и Вуаль присоединились к Академии. Бриггс был убит. Когда школа вновь открылась, многие ученики окончили школу, и Вуаль снова покинула школу, чтобы вернуться в свою обычную школу.
Арена
Академия Мстителей была одним из многих центров, где Аркейд похищал героев для сражений в своих «играх». Он похитил Икс-23, Хазмата, Рептил, Джастона и его Стража, а также Меттла. Пострадавшими из школы были Меттл, Джастон и Рептил. После их освобождения Хазмат ушел, чтобы присоединиться к другим выжившим, а Икс-23 ушла, чтобы присоединиться к Прошлым Людям Икс.
Бесконечность и бесчеловечность
Остальные ученики участвовали в соревновании чемпионов с другими сверхмощными школами. Это прервало вторжение Таноса.
После освобождения Туманов Терриген в атмосферу Черным Громом студенты Академии Мстителей были замечены вместе со студентами Школы Ксавьера для одаренных детей, убирающими мусор. После того, как Пикси услышала о недавно появившемся Нелюде, Фионе, которая собиралась покончить жизнь самоубийством, она остановила ее. В конце концов, Фиона поступила в Академию.
Закрытие
По словам Рептил, после вторжения Кналла на Землю Академия Мстителей была закрыта в течение многих лет.